Есть такие программки, которые после установки или простого копирования просто начинают работать, да так складно работают, что очень легко про них забыть вовсе.

USB Disk Ejector позволяет, выражаясь терминологией Windows, «Safely Remove Hardware», которое у вас висит на USB портах.

USBDiskEjectorSmall

Не мудрена ситуация, что вы писали на флешку что-то очень быстро и очень торопитесь. Windows показал вам, что процесс копирования завершён, но данные продолжают писаться на флешку в фоне, а вы то ее вытащили и уже убежали :(

Стандартный диалог извлечения достаточно «мутный», а потому попробуйте эту утилитку. Более того, она работает из командной строки для «клавиатурных гуру». Умеет извлекать как флешки, так и другие USB девайсы. Мной утилитка была оттестирована в Vista, но автор гарантирует ее работоспособность и в XP и, даже, в более старых версиях «окон». А такие есть у кого-то еще?

Такой себе легковесный must have.