Небольшое приложение PDFMerge позволяет вам разделять и вновь собирать в нужном вам порядке PDF-файлы.
Укажите страницы, которые вас интересуют в каждом документе, расставьте куски в нужном порядке при этом выбрав метод обработки закладок. Вы можете как сохранить все существующие закладки, так и удалить их все или создать новые. Программу можно запускать как из командной строки так и воспользовавшись оконным интерфейсом. Программа делает именно то, что мы и озвучили и потому, если вам нужны большие возможности по работе с PDF, вам следует поискать другую программу.
Программа работает в Windows. Ну а поклонники MacOS могут проделывать такие фокусы с PDF даже с использованием стандартной утилиты «Просмотр».