Шутка «Это не баг, это — фича» еще никогда не была так близка к правде. А говорим мы про новую фишку Mac OSX Lion: открывать все окна давно закрытого приложения со всеми документами. Ну например, вы работали с четырьмя документами Word и, закончив, нажали Cmd+Q. Программа закрылась, забрав с собой все свои окна. Но как только вы, получив письмо с документом Word, откроете его, то на вас вывалятся все закрытые ранее документы вместе с новым, единственным, который вы хотели открыть. Это настоящая беда, но ее можно легко одолеть.
Вместо того чтобы выходить с приложений нажатием Cmd+Q, давите Cmd+Option+Q. При открытии файла, ассоциированного с этой программой, или самой программы, вы получите только одно открытое и нужное вам окно.
Можно полностью отключить такое поведение программ, сняв в настройках, в разделе General, указанную на скриншоте галочку.