Почему возникает путаница
Потому что перед нами заимствования.
Макс Фасмер в «Этимологическом словаре русского языка» Этимологический словарь русского языка Фасмера. Страница 469, что слова шпадель и шпатель произошли от польских szpadel и szpatel (лопаточка) или от немецких Spadel и Spatel (инструмент хирурга и аптекаря). Там же приводятся не два, а три варианта написания производных слов: шпадлевать, шпатлевать и шпаклевать.
Непривычное и уже не употребляющееся в речи шпадлевание вместе со шпаклеванием и шпатлеванием Толковый словарь Даля: буква Ш и в «Толковом словаре живого великорусского языка» Даля.
А вот в «Словаре церковнославянского и русского языка» 1847 года Словарь церковнославянского и русского языка только варианты с «к». Вероятно, без участия слова пакля здесь не обошлось. С помощью пакли — грубого льняного волокна — раньше заделывали щели и дыры в стенах дома. Пакля, кстати, тоже Этимологический словарь русского языка Фасмера. Страница 189 к нам из польского.
Как правильно: шпатлёвка или шпаклёвка
Сейчас можно говорить и шпаклёвка, и шпатлёвка. Оба слова есть в новейшем «Русском орфографическом словаре» Орфографический словарь Лопатина: слова на букву Ш. Правда, первое считается общеупотребительным, а второе — специальным, то есть свойственным речи профессионалов. Поэтому и в ГОСТ 10277‑90. Шпатлёвки. Технические условия материал для заполнения неровностей называют именно шпатлёвкой.